VMD（Visual Molecular Dynamics）是一款在科研领域广泛使用的分子动力学可视化软件，由伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校开发。它能够显示、动画和分析庞大的生物分子系统，支持几乎所有的分子动力学模拟软件的输出格式。
VMD读取Lammps的data文件。打开vmd的界面之后，发现没有直接读取lammps的data文件格式选项，只有lammps的轨迹文件选项。此时，我们可以通过TCL控制台的方式打开lammps的data文件。选择工作菜单栏中的“Extensions”，下拉后选择”TK Console“。然后就会出现如下图的命令行界面了。
$topo readlammpsdata lammpsfile.data #VMD常用命令
mol new filename.pdb ## 加载 pdb文件
pbc box -on ## 显示box边界，前提是文件中已有box的信息
pbc wrap -all ##
pbc box -center origin -color black -width 1 ## 设置box的颜色、宽度等Tachyon渲染
tachyon -o output.png -fullshade -auto_skylight 0.7 -aasamples 12 -res 6000 4000
